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前新竹市長林智堅之前陷入論文案,指導教授陳明通25日說,此案是「世紀大冤案」,風風雨雨鬧這麼久,是「認知作戰」人云亦云;對於台大校長要求陳明通向社會致歉,陳明通認為,若校長仔細看完新書,會有不同看法。
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台大認為陳明通指導不周,但未達解聘程度,不過也祭出「三不」懲處,即不能歸建擔任教授職務、不能再申請延長服務、不再聘請他擔任學校兼任教師的懲處,形同列入拒絕往來戶。

國安局長陳明通委託律師發聲明反指調查官余正煌寄給他的研究計畫、論文,在研究設計方面大部分皆來自前新竹市長林智堅論文計畫內容;對此余正煌律師團發聲明駁斥。

國民黨立法院黨團10日晚在立法院朝野黨團協商總預算案時,提案要求國安局長陳明通為指導學生林智堅論文惹議道歉並下台;陳明通表示,林智堅論文門是冤案,如果通過這樣提案無法接受。
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桃園市長鄭文燦2日傍晚聲明表示,接獲台大通知,針對他在2011年台大國發所碩士在職專班碩士論文檢舉案,經過台大社科院學倫會審議,以嚴謹學術論文規範認定有涉及抄襲,撤銷碩士論文。
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國安局長陳明通遭指控在台大任職期間收受企業捐款400萬,他回應表示,該經費主要是用來支付台大中國大陸研究中心職員薪水,「我本人沒有拿一毛錢」,過程絕無任何不法。
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