在台灣，主要傳播日本腦炎病媒蚊，包括三斑家蚊、環蚊家蚊以及白頭家蚊，每年腦炎病例多發生在5月至11月，6月至7月則為流行高峰；臺南市政府衛生局表示，豬為病毒的主要增幅宿主，因此像是豬舍、其他動物畜舍，甚至包括水稻田、池塘及灌溉溝渠等處，都為病媒蚊容易孳生地方，民眾應減少在附近活動。
