貝克氏囊腫常發生於膝蓋後內側膝窩處，一開始沒有症狀，當囊腫愈來愈大壓迫鄰近構造，會導致膝蓋活動時痠痛或壓痛感，病人常有時好時壞的不適感。因為囊腫成因是膝關節異常積水，而膝關節關節空間為單向的通道，關節液只能流出而無法再流回，隨著時間過去，膝窩囊腫的積水會愈積愈多，而產生不適。
